本課程是以具微生物學相關背景之研究生為對象，學程一學期。分為三部份：臨床免疫學、高級臨床病毒學、及高級臨床細菌學。在臨床免疫學方面，將基礎免疫學的知識, 應用於免疫疾病的各種變化, 有病理方面的免疫變化及分子生物觀點的免疫變化, 提供給學生思考的方向及研究應用於免疫疾病的方向。高級臨床病毒學之教學，採演講及專題討論交叉之方式進行。課程內容有病毒之分類學、免疫學及各種臨床上重要之病毒如肝炎病毒、?疹病毒（HSV,CMV,HHV-6,HHV-7）、流行性感冒病毒、呼吸道融合病毒、輪狀病毒、腸病毒、登革病毒、日本腦炎病毒、漢他病毒、人類免疫不全病毒等之討論。主要之討論重點，為各病毒之性質、致病機制、流行病學及各種實驗室檢查法之最新進展。臨床細菌學課程內容臨床與基礎細菌學並重，主要包含細菌族群行為及訊號傳遞之內在分子機轉、細菌毒素基因之調控、細菌及黴菌之傳統及分子技術之快速鍵鑑定方法、細菌抗藥機制之研究、以及細菌生理及病理學等。